Em muitos casos os resíduos requerem algum tipo de pré-tratamento antes do seu destino final, em decorrência de suas peculiaridades. Por exemplo, alguns resíduos líquidos precisam ser solidificados antes da disposição final para o melhoramento das suas características físicas, reduzindo a lixiviação dos constituintes do resíduo.

A incompatibilidade de produtos químicos também é verificada no galpão de pré-tratamento de resíduos onde é feito a neutralização (adição de produtos químicos) destes produtos para que não exista reatividade entre os resíduos recebidos.